使用python进行nc转tif的3种情况解决

本人是位大二在读在校学生,专业为地理信息科学,因跟老师一起做项目,所以有幸接触nc数据转换为tif数据,因为在这件事情上也遇过不少坑,也花了不少时间,所以想在这里将自己的心得与学习的经验一起分享给大家,希望大家能获得帮助,同时我也会很开心的!!如果哪里说的有问题或是代码能再改进的话,希望大家能不吝赐教,评论区欢迎大家哦!!!!!!

 

一、nc4_to_tif(多时间序列)

话不多说,直接上代码(代码里面的注释也是挺详细的,所以就不赘述了):

代码如下(示例):

# -*- coding: utf-8 -*-
import numpy as np
import netCDF4 as nc
from osgeo import gdal,osr,ogr
import glob
import os
from zipfile import ZipFile
import shutil
band_name = ''
def NC_to_tiffs(data,out_path):
  
  '''
  这个函数里面有些地方还是可能需要更改
  比如:coord(坐标系)
  '''
  coord = 4326            #坐标系,["EPSG","4326"],默认为4326
  nc_data_obj = nc.Dataset(data)
  #print(nc_data_obj,type(nc_data_obj))              # 了解nc的数据类型,<class 'netCDF4._netCDF4.Dataset'>
  #print(nc_data_obj.variables)                      #了解nc数据的基本信息
  key=list(nc_data_obj.variables.keys())            #获取时间,经度,纬度,波段的名称信息,这些可能是不一样的
  print('基础属性为-----',key)
  lon_size = [i for i,x in enumerate(key) if (x.find('lon'.upper())!=-1 or x.find('lon'.lower())!=-1)][0]   #模糊查找属于经度的名称
  lat_size = [i for i,x in enumerate(key) if (x.find('lat'.upper())!=-1 or x.find('lat'.lower())!=-1)][0]   #模糊查找属于纬度的名称
  global band_name
  if band_name == '':
      band_name = input("请输入您想要输出的波段的名字(您可以从'基础属性中得来',不用加上引号)———————:")      #这里是从用户那传入一个波段的字符串,因为nc4的数据比nc要复杂,所以要让用户确定波段的名字
  band_size = [i for i,x in enumerate(key) if (x.find(str(band_name).upper())!=-1 or x.find(str(band_name).lower())!=-1)][0]
  key_band = key[band_size]            #获取波段的名称     
  key_lon = key[lon_size]              #获取经度的名称   
  key_lat = key[lat_size]              #获取纬度的名称  
  Lon = nc_data_obj.variables[key_lon][:]   #获取每个像元的经度
  Lat = nc_data_obj.variables[key_lat][:]    #获取每个像元的纬度
  band = np.asarray(nc_data_obj.variables[key_band]).astype(float)  #获取对应波段的像元的值,类型为数组
  print("填充值:",nc_data_obj.variables[key_band])
  
  #影像的四个角的坐标
  LonMin,LatMax,LonMax,LatMin = [Lon.min(),Lat.max(),Lon.max(),Lat.min()] 

  #分辨率计算
  N_Lat = len(Lat) 
  if Lon.ndim==1 :
      N_Lon = len(Lon)   #如果Lon为一维的话,就取长度
  else:         
      N_Lon = len(Lon[0])   #如果Lon为二维的话,就取宽度
  Lon_Res = (LonMax - LonMin) /(float(N_Lon)-1)
  Lat_Res = (LatMax - LatMin) / (float(N_Lat)-1)

  #创建.tif文件
  for i in range(band.shape[0]):
      driver = gdal.GetDriverByName('GTiff')   # 创建驱动          
      arr1 = band[i,:,:]                   # 获取不同时间段的数据
      out_tif_name = out_path+os.sep+ data.split('\\')[-1][:4]+ '_'+str(i) +'.tif'
      out_tif = driver.Create(out_tif_name,N_Lon,N_Lat,1,gdal.GDT_Float32) 
      # 设置影像的显示范围
      #-Lat_Res一定要是-的
      geotransform = (LonMin, Lon_Res, 0, LatMax, 0, -Lat_Res)
      out_tif.SetGeoTransform(geotransform)
          
      #获取地理坐标系统信息,用于选取需要的地理坐标系统
      srs = osr.SpatialReference()
      srs.ImportFromEPSG(coord)                               # 定义输出的坐标系为"WGS 84",AUTHORITY["EPSG","4326"]
      out_tif.SetProjection(srs.ExportToWkt())               # 给新建图层赋予投影信息
          
      #更改异常值    
      arr1[arr1[:, :]> 1000000] = -32767
      
      #数据写出
      if arr1.ndim==2:     #如果本来就是二维数组就不变
          a = arr1[:,:]   
      else:                #将三维数组转为二维
          a = arr1[0,:,:]    
      out_tif.GetRasterBand(1).WriteArray(a)
      out_tif.GetRasterBand(1).SetNoDataValue(-32767)
      out_tif.FlushCache() # 将数据写入硬盘
      del out_tif       # 注意必须关闭tif文件

'''这个函数部分不需要更改'''

def nc4_to_tif(Input_folder,end_name = 'nc4'):
  Output_folder = os.path.split(Input_folder)[0]  + os.sep+ 'out_' + os.path.split(Input_folder)[-1]
  # 读取所有nc数据
  data_list = glob.glob(Input_folder + os.sep + '*' + end_name)
  print("输入位置为: ",Input_folder)
  print("被读取的nc文件有:",data_list)
  if os.path.exists(Output_folder):
      shutil.rmtree(Output_folder)          #如果文件夹存在就删除
  os.makedirs(Output_folder)            #再重建,这样就不用运行之后又要删了之后再运行了,可以一直运行
  for i in range(len(data_list)):
      dat = data_list[i]
      NC_to_tiffs(data = dat,out_path = Output_folder)
      print (dat + '----转tif成功')
  print(f"输入位置为: {Input_folder}")
  print(f'输出位置为: {Output_folder}')
  
'''输入路径不能有中文字符----------比如放在D盘中(目前我发现只有有多时间序列的nc或nc4文件会有这个问题,而单时间序列的就不会,这个可以留给大家一起讨论讨论------)'''    
nc4_to_tif(Input_folder = r'D:\nc4\nc4',end_name='nc4')   #用户需要输入 :nc文件所放的文件夹的路径,默认输出至同级目录中,名为'out_...'

在这里,我想补充几点(可能代码的注释里面讲的不是很清楚):

1.如果想直接使用这个代码的话,只需要修改:

nc4_to_tif(Input_folder = r'D:\nc4\nc4',end_name='nc4')   #用户需要输入 :nc文件所放的文件夹的路径,默认输出至同级目录中,名为'out_...'

里面的Input_folder的值,这里 r'....' 的意思是防止转义,最好也不要更改。

2.这里用了自动创建文件夹和删除文件夹,这样一来就可以无限次地运行,避免了每运行一次,想再次运行的话,又得重新删除文件夹,用到的代码在这:

if os.path.exists(Output_folder):
      shutil.rmtree(Output_folder)          #如果文件夹存在就删除
  os.makedirs(Output_folder)            #再重建,这样就不用运行之后又要删了之后再运行了,可以一直运行

3.如果大家按照要求运行的话(路径没有中文字符),会出来如下结果:

这里是需要您从 “基本属性” 这里的提示中获取您想要转换为tif数据的波段信息,像这里,我需要的是ndvi这个波段的数据,那我就输入 “ndvi”

点击回车,它就会继续运行,直到输出:

这样就表示输出完成,并且会把输出的路径都给你显示出来,这里我的输出路径为:“D:\nc4\out_nc4”,所以我就可以直接复制,粘贴到搜索目录里面去找这些文件的位置(默认是放在与您输入路径同一级的目录下,名称为 “out_” + “输入的文件名”)。

像:

这里应该都没毛病吧~~~~~~~~

(如果想看代码里面的具体的算法,请看上述的代码的内容以及注释~~~~~~~~)

 

二、nc_to_tif(多时间序列)

其实这里要说明的话与上面没有什么不同,只是数据由nc4数据变为了nc数据,还有就是代码里面的内容有所不同,操作的话还是一样,一样的~~~可以直接使用,但是如果想深入学习的话,还是得详细看代码哦,里面的注释也是很详细的~~~~~,这里我就不多赘述了~~~~~~,直接上代码

代码如下(示例):

# -*- coding: utf-8 -*-


import numpy as np
import netCDF4 as nc
from osgeo import gdal,osr,ogr
import glob
import os
from zipfile import ZipFile
import shutil
band_name = ''
def NC_to_tiffs(data,out_path):
  '''
  这个函数里面有些地方还是可能需要更改,像:
  coord(坐标系)
  '''
  coord = 4326            #坐标系,["EPSG","4326"],默认为4326
  nc_data_obj = nc.Dataset(data)
  #print(nc_data_obj,type(nc_data_obj)) # 了解nc的数据类型,<class 'netCDF4._netCDF4.Dataset'>
  #print(nc_data_obj.variables)      #了解nc数据的基本信息
  key=list(nc_data_obj.variables.keys())            #获取时间,经度,纬度,波段的名称信息,这些可能是不一样的
  print('基础属性为  ',key)
  lon_size = [i for i,x in enumerate(key) if (x.find('lon'.upper())!=-1 or x.find('lon'.lower())!=-1)][0]   #模糊查找属于经度的名称
  lat_size = [i for i,x in enumerate(key) if (x.find('lat'.upper())!=-1 or x.find('lat'.lower())!=-1)][0]   #模糊查找属于纬度的名称
  time_size = [i for i,x in enumerate(key) if (x.find('ime'.upper())!=-1 or x.find('ime'.lower())!=-1)][0]  #模糊查找属于时间的名称
  global band_name
  if band_name == '':
      band_name = input("请输入您想要输出的波段的名字(您可以从'基础属性中得来',不用加上引号)———————:")   #这里是从用户那传入一个波段的字符串,因为nc4的数据比nc要复杂,所以要让用户确定波段的名字
  band_size = [i for i,x in enumerate(key) if (x.find(str(band_name).upper())!=-1 or x.find(str(band_name).lower())!=-1)][0]
  key_band = key[band_size]            #获取波段的名称     
  time_name= key[time_size]  #获取时间的名称
  key_lon = key[lon_size]      #获取经度的名称   
  key_lat = key[lat_size]      #获取纬度的名称  
  Lon = nc_data_obj.variables[key_lon][:]   #获取每个像元的经度
  Lat = nc_data_obj.variables[key_lat][:]    #获取每个像元的纬度
  time = nc_data_obj.variables[time_name]
  times = nc.num2date(time[:],time.units)  # 时间的格式转换,得到一个数组
  band = np.asarray(nc_data_obj.variables[key_band]).astype(float)  #获取对应波段的像元的值,类型为数组
  print("填充值:",nc_data_obj.variables[key_band])
  
  #影像的四个角的坐标
  LonMin,LatMax,LonMax,LatMin = [Lon.min(),Lat.max(),Lon.max(),Lat.min()] 

  #分辨率计算
  N_Lat = len(Lat) 
  if Lon.ndim==1 :
      N_Lon = len(Lon)   #获取长度
  else:
      N_Lon = len(Lon[0])
  Lon_Res = (LonMax - LonMin) /(float(N_Lon)-1)
  Lat_Res = (LatMax - LatMin) / (float(N_Lat)-1)

  #创建.tif文件
  for i in range(band.shape[0]):
      # strftime() 格式化datetime 对象
      dt = times[i].strftime("%Y-%m")     
      driver = gdal.GetDriverByName('GTiff')   # 创建驱动          
      arr1 = band[i,:,:]                   # 获取不同时间段的数据
      out_tif_name = out_path+os.sep+ data.split('\\')[-1][:-3]+ dt +'.tif'
      out_tif = driver.Create(out_tif_name,N_Lon,N_Lat,1,gdal.GDT_Float32) 
       
      # 设置影像的显示范围
      #-Lat_Res一定要是-的
      geotransform = (LonMin, Lon_Res, 0, LatMax, 0, -Lat_Res)
      out_tif.SetGeoTransform(geotransform)
          
      #获取地理坐标系统信息,用于选取需要的地理坐标系统
      srs = osr.SpatialReference()
      srs.ImportFromEPSG(coord)                       # 定义输出的坐标系为"WGS 84",AUTHORITY["EPSG","4326"]
      out_tif.SetProjection(srs.ExportToWkt())               # 给新建图层赋予投影信息
          
      #更改异常值    
      arr1[arr1[:, :]> 1000000] = -32767
      
      #数据写出
      if arr1.ndim==2:     #如果本来就是二维数组就不变
          a = arr1[:,:]   
      else:     #将三维数组转为二维
          a = arr1[0,:,:]    

      reversed_arr = a[::-1]        #这里是需要倒置一下的     横重要的!!!!!!!!!!!
      out_tif.GetRasterBand(1).WriteArray(reversed_arr)
      out_tif.GetRasterBand(1).SetNoDataValue(-32767)
      out_tif.FlushCache() # 将数据写入硬盘
      del out_tif       # 注意必须关闭tif文件

def nc_to_tif(Input_folder,end_name = 'nc'):
  Output_folder = os.path.split(Input_folder)[0]  + 'out_' + os.path.split(Input_folder)[-1]
  # 读取所有nc数据
  data_list = glob.glob(Input_folder + os.sep + '*' + end_name)
  print("输入位置为: ",Input_folder)
  print("被读取的nc文件有:",data_list)
  #if not os.path.isdir(Output_folder):           #如果输出路径,不存在就创建
  if os.path.exists(Output_folder):
      shutil.rmtree(Output_folder)          #如果文件夹存在就删除
  os.makedirs(Output_folder)            #再重建,这样就不用运行之后又要删了之后再运行了
  for i in range(len(data_list)):
      dat = data_list[i]
      NC_to_tiffs(data = dat,out_path = Output_folder)
      print (dat + '-----转tif成功')
  print(f"输入位置为: {Input_folder}")
  print(f'输出位置为: { Output_folder}')
      
  
'''输入路径不能有中文字符----------比如放在D盘中(目前我发现只有有多时间序列的nc或nc4文件才会有这个问题,,单时间序列的nc文件不会出现这样的问题)'''    
nc_to_tif(Input_folder = r'D:\spei',end_name='nc')   #用户需要输入 :nc文件所放的文件夹的路径,默认输出至同一上级目录中

 

三、nc_to_tif(单时间序列)

这里的要说明的话也和上面一样一样的,所以我就~~~~~~哈哈哈不说太多了哈,不过这里需要用户进行的操作要更少一点。这里是不需要用户传入波段的信息,直接修改下文件的输入路径,就可以直接输出了,并且这里的文件路径可以不用再管是否有中文字符,比较方便哦~~~~~,具体代码的细节都在注释里了哦,爱学习的兄弟可以看看哦~~~~~~~~~~

# -*- coding: utf-8 -*-
import numpy as np
import netCDF4 as nc
from osgeo import gdal,osr,ogr
import glob
import os
import shutil

def NC_to_tiffs(data,out_path):
  '''
  这个函数里面有些地方还是可能需要更改
  coord(坐标系)
  '''
  coord = 4326            #坐标系,["EPSG","4326"],默认为4326
  nc_data_obj = nc.Dataset(data)
  #print(nc_data_obj,type(nc_data_obj)) #了解nc数据的数据类型,<class 'netCDF4._netCDF4.Dataset'>
  #print(nc_data_obj.variables)          #了解nc数据的基本信息
  key=list(nc_data_obj.variables.keys())    #获取时间,经度,纬度,波段的名称信息,这些可能是不一样的
  print('基础属性为',key)
  lon_size = [i for i,x in enumerate(key) if (x.find('lon'.upper())!=-1 or x.find('lon'.lower())!=-1)][0]   #模糊查找属于经度的名称,还在更新.....
  lat_size = [i for i,x in enumerate(key) if (x.find('lat'.upper())!=-1 or x.find('lat'.lower())!=-1)][0]   #模糊查找属于纬度的名称,还在更新.....
  key_band = key[len(key)-1]            #获取波段的名称     目前发现都是放在最后
  key_lon = key[lon_size]      #获取经度的名称   
  key_lat = key[lat_size]      #获取纬度的名称  
  Lon = nc_data_obj.variables[key_lon][:]#获取每个像元的经度,类型为数组
  Lat = nc_data_obj.variables[key_lat][:]#获取每个像元的纬度,类型为数组
  Band = np.asarray(nc_data_obj.variables[key_band])  #获取对应波段的像元的值,类型为数组
  #影像的四个角的坐标
  LonMin,LatMax,LonMax,LatMin = [Lon.min(),Lat.max(),Lon.max(),Lat.min()] 

  #分辨率计算
  N_Lat = len(Lat) 
  N_Lon = len(Lon[0])
  Lon_Res = (LonMax - LonMin) /(float(N_Lon)-1)
  Lat_Res = (LatMax - LatMin) / (float(N_Lat)-1)

  #创建.tif文件
  driver = gdal.GetDriverByName('GTiff')
  out_tif_name = out_path+os.sep+ data.split('\\')[-1][:-3]+ '.tif'
  out_tif = driver.Create(out_tif_name,N_Lon,N_Lat,1,gdal.GDT_Float32) 
   
  # 设置影像的显示范围
  #-Lat_Res一定要是-的
  geotransform = (LonMin, Lon_Res, 0, LatMax, 0, -Lat_Res)
  out_tif.SetGeoTransform(geotransform)
      
  #获取地理坐标系统信息,用于选取需要的地理坐标系统
  srs = osr.SpatialReference()
  srs.ImportFromEPSG(coord)                       # 定义输出的坐标系为"WGS 84",AUTHORITY["EPSG","4326"]
  out_tif.SetProjection(srs.ExportToWkt())               # 给新建图层赋予投影信息
      
  #更改异常值    
  Band[Band[:, :]> 100000] = -32767
  
  #数据写出
  if Band.ndim==2:     #如果本来就是二维数组就不变
      a = Band[:,:]   
  else:       #将三维数组转为二维
      a = Band[0,:,:]    
  reversed_arr = a[::-1]      #这里是需要倒置一下的        #这个很重要!!!!!!
  out_tif.GetRasterBand(1).WriteArray(reversed_arr)    
  out_tif.GetRasterBand(1).SetNoDataValue(-32767)   
  out_tif.FlushCache() # 将数据写入硬盘
  del out_tif       # 注意必须关闭tif文件

def nc_to_tif(Input_folder):           
  Output_folder = os.path.split(Input_folder)[0] +os.sep + 'out_' + os.path.split(Input_folder)[1]
  # 读取所有nc数据
  data_list = glob.glob(Input_folder + os.sep + '*.nc')
  print("输入位置为: ",Input_folder)
  print("被读取的nc文件有:",data_list)
#     if not os.path.isdir(Output_folder):
  if os.path.exists(Output_folder):
      shutil.rmtree(Output_folder)          #如果文件夹存在就删除
  os.makedirs(Output_folder)            #再重建,这样就不用运行之后又要删了之后再运行了
  for i in range(len(data_list)):
      dat = data_list[i]
      NC_to_tiffs(data = dat,out_path = Output_folder)
      print (dat + '-----转tif成功')
  print(f"输入位置为: {Input_folder}")
  print("--------------------------")
  print(f'输出位置为: { Output_folder}')
  
'''#用户需要输入 :nc文件所放的文件夹的路径,默认输出至同一上级目录中'''  
  
nc_to_tif(Input_folder = r'D:\nc\real\T2')

 

总结

还有,还有,还有,这里有几个小坑以及心得我是想我跟大家进行分享de~~~~

1.nc4跟nc的差别在于nc4的数据结构比nc要复杂,内容更丰富,所以转为tif的时候要考虑的东西也更多~~~~~~~~~

2.多时间序列和单时间序列的nc或nc4数据处理成tif形式的方式也不太一样,多时间序列的话要考虑时间因素,单时间是不需要考虑时间因素的,虽然也有时间,但是时间段只有1个,多时间序列的话要根据时间段来进行输出的命名,所以这里也是需要考虑的~~~~~~~~

3.这个是最重要的:就是nc4的数据它是不需要将数据进行颠倒一下的,而nc的数据是需要颠倒的,这个真的是我苦苦发现的,之前也犯了很多很多的错,网上也没有具体的说明,但是这个坑我在代码里面是有说明哦,注释也很详细,所以,如果把上面的代码运行的好的话是不会发生数据颠倒的情况的哦~~~~~~~~~~

关于使用python进行nc转tif的3种情况的文章就介绍至此,更多相关python进行nc转tif内容请搜索编程宝库以前的文章,希望以后支持编程宝库

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